In convento egli aveva stretto amicizia con un monaco bergamasco, frà Giovanni, che era restato molto affascinato dalla personalità e dalla cultura del Nolano e trascorreva molto tempo con il giovane studioso, il quale gli trasmise molte delle sue conoscenze ed alcune competenze. Frà Giovanni non era tenuto in gran considerazione presso gli altri confratelli a causa di una sua pervicace balbuzie, anzi era piuttosto ritenuto un ritardato mentale, ma la compagnia del Nolano e i suoi insegnamenti gli permisero di superare il suo inconveniente e sconfiggere quella menomazione; inoltre il religioso vinse anche la conseguente timidezza e cominciò col confrontarsi con gli altri confratelli e con gli stessi docenti presenti nel convento. Quella trasformazione, però, destò molto sospetto tra i suoi superiori, suscitato più dall’invidia, che insorse in costoro che si videro contestati da chi, fino a poco tempo prima, aveva sempre tenuto gli occhi bassi e quasi non parlava, mentre adesso dialogava da pari a pari con loro e, spesso, ne contestava le conoscenze.

In seguito ad un accesso d’ira di frà Giovanni che, non riuscendo a farsi intendere dal maestro dei novizi, l’aveva apostrofato con il titolo di asino, il priore lo fece rinchiudere nelle segrete del convento e iniziò, a suo carico, un procedimento per possessione diabolica e per stregoneria, motivandola con il suo subitaneo ed immotivato sfoggio di cultura; –…fino a pochi giorni fa era solo un asino, a malapena capace di ragliare e adesso parla come un professore e sembra saperne più di Aristotele e San Tommaso- commentava con gli altri padri del convento.

Benché prigioniero, frà Giovanni riuscì ad ottenere il permesso di parlare con Bruno e gli chiese aiuto. Giordano non ebbe alcun dubbio e gli consigliò di ritornare a mostrarsi stupido e insicuro come loro desideravano: “Non hai alternative, amico mio. Ritorna ad essere l’asino che eri. Fai calmare le acque e appena ne hai l’opportunità lascia il convento; fuggi se è necessario. Tra queste mura non c’è futuro per un uomo che intende elevarsi e accrescere la sua cultura. Provvederò io a risolvere il tuo problema. Andrò dal priore e gli dirò di essere in possesso di una pozione che scaccerà da te ogni demonio e ti farà ritornare come prima. Vedrai che mi crederanno.”

“Grazie Giordano, ma tu devi aiutarmi ancora. Lascia anche tu il convento e vai a Bergamo. Lì vive mio fratello Girolamo, raccontagli ciò che mi è capitato ed avvisalo che prima che finisca l’estate sarò da lui e che si prepari a nascondermi per qualche tempo.” lo implorò frà Giovanni.

Bruno  lo rassicurò e mise in atto il suo piano. Si recò dal priore e gli confidò di essere in possesso di una potente mistura che espelleva ogni umore cattivo dall’anima degli uomini; se desiderava poteva utilizzarla su frà Giovanni.

“Vi sarei molto grato se ci provaste, frà Giordano. Non credo che ci riuscirete, ma ogni tentativo è dovuto; finora frà Giovanni è sempre stato un bravo figliolo e sono molto dispiaciuto di doverlo condannare al rogo ma, nello stato in cui si trova, diventa inevitabile.” gli disse il priore.

Il piano riuscì e, dopo aver finto dolori atroci, frà Giovanni ridiventò l’asino che tutti volevano ridiventasse; ma ad ogni azione corrisponde una reazione, e subito dopo i padri del convento cominciarono a tartassare Bruno di domande sulla natura della sua pozione miracolosa. Giordano si rese conto che la sua permanenza nel convento stava diventando rischiosa pertanto approfittò del passaggio di un confratello che stava recandosi a Milano dal Cardinale Borromeo e si congedò dal priore, che fu ben lieto di liberarsi dello scomodo ospite.

Prima di partire rassicurò frà Giovanni sulla sua intenzione di andare a Bergamo dal fratello Girolamo e si raccomandò con lui: “Stai attento, Giovanni. Resta l’asino che essi vogliono, ma appena puoi scappa via. So bene quello che provoca la Sapienza nell’animo umano. Ti sarà ben difficile fingere di essere quell’ignorante e sciocco che loro vogliono. In fin dei conti gli asini sono loro, ma  di quel nobile animale questi folli hanno solo i difetti: né la saggezza né la compassione gli appartengono. Non hanno un briciolo di cultura e pretendono di essere in possesso di tutto il sapere del mondo; sono superbi e arroganti come tutti quelli con cui mi sono scontrato finora, scappa via.”